もし、解析が定型で、中学生高校生のバイトでも出来る程度までマニュアル化もしくは自動化しているのであれば、モデル規模やステップ数で決めてもいいかもしれません。
そうでない場合は、ご質問の中にあった通り頼んだ人によってかかる実工数も結果のレベルも変わってきます。

そうなるとやはり経験則なのですが、
-解析者(またはグループ）の実力
-依頼側の実力
-互いのコミュニケーション力
が経験則の中に含まれると私は思っています。結構面倒ですね。

私はあえて依頼側に工数を決めてもらうこともあります。
１日と言われれば１日で出来る解析レベルのものを提出しますし、１週間と言われれば１週間で出来るレベルのものを提出します。
実際１週間で行った解析より、１日で行ったシンプルな解析の方が価値があることも多かったりします。。。
ピンクのムカデさんが先述している通り、時間をかけたからといっていい結果になるとは言えないのが難しいですね。

あまり答えになってなくてすいません。。。

> 経験豊富な方でしたら感覚的にわかるからいちいち数値を出さないですかね。。

CAEは経験則なんですよね。
昨日の例ですが、給湯タンク（直径：1ｍ、高さ：2ｍ）の新機能で
直径10ｍｍの循環パイプを追加したときの保温水の10分間の時間変化を
見たいと研究者が昼前にやってきました。
対象が大型タンクとパイプで非定常熱流体解析、3ＤＣＡＤは有るとの
ことなので、取り込みがうまくいけば、解析時間は経験則で３日くらいですかね
と返事、加えて、私はＳ／Ｔは使えないので、チームの工数がパンパンなので
②仕様で２週間後くらいならと返事（この辺は経験則）
しかし、内容を見てみると、まだ検討初期段階！
２Ｄ図面貰ってＩＣＥ・・・でエイヤッで今朝、報告完了！
案の定、別の改善案を考えたいので追加解析して欲しいとのこと！
最初の依頼通りやっていたら、無駄な計算工数を費やしただけになったでしょう。

計算工数見積もりに必要な要因として、何を求められているかを
判断して、タイムリーに答えを出すことが一番重要だと思います。
調理方法はいくらでもありますが、腐ったリンゴは食えないんですよ！